Агенттиктин милдеттери болуп төмөнкүлөр саналат:

1) мамлекеттик органдар, жергиликтүү өз алдынча башкаруу органдары, мамлекеттик жана муниципалдык мекемелер жана ишканалар, ошондой эле менчигинин түрүнө карабастан юридикалык жана жеке жактар тарабынан жеке мүнөздөгү маалымат чөйрөсүндө Кыргыз Республикасынын мыйзамдарынын талаптарына ылайык жеке мүнөздөгү маалыматтын иштелип чыгуусун контролдоону камсыздоо;

2) жеке маалыматтар субъекттеринин укуктарын коргоо;

3) Кыргыз Республикасында жеке маалыматтарды коргоо жагдайы жөнүндө коомчулукка маалымат берүү;

4) Кыргыз Республикасынын мыйзамдарына ылайык Агенттикке жүктөлгөн башка милдеттерди ишке ашыруу.